Можно сформулировать два пути государственной поддержки НИОКР, и, конкретно, научно-исследовательских предприятий.

Во-первых, выделение, напрямую или опосредованно, денежных средств из бюджета в виде государственного заказа либо целевого финансирования. Необходимость такой поддержки признается во всех нормативных актах, посвященных этому вопросу: в упоминавшихся выше «Основных направлениях государственной инвестиционной политики...», в «Основах политики Российской Федерации в области развития науки и технологий на период до 2010 года и дальнейшую перспективу», а также в «Концепции реформирования российской науки на период 1998 - 2000 годов» (одобрена Правительством РФ 18 мая 1998 г.). Документ этот говорит о «перераспределении и концентрации бюджетных средств на приоритетных направлениях, селективной поддержке ведущих отраслевых научных организаций», «стабильности выделения средств и безусловном исполнении плановых назначений», а также «косвенных методах стимулирования, включающих налоговые льготы, механизмы ускоренной амортизации, льготные тарифы и т.д.». При этом следует отметить, что в более поздних документах о мерах налогового регулирования и тем более о налоговых льготах уже не упоминается.

В целом можно сказать, что первый вариант поддержки включает (помимо полного и своевременного финансирования в рамках заключенных договоров, что является первым и обязательным условием), дотации и целевое финансирование, льготное кредитование, налоговые льготы, урегулирование задолженности научных организаций перед бюджетом, внебюджетными фондами и другими кредиторами, возникшей из-за недофинансирования, и другие подобные мероприятия.

Поскольку описанный вариант поддержки научных организаций заявлен в ряде правительственных документов, в том числе и в упомянутой «Концепции», попытки осуществить некоторые из пунктов этой программы действительно предпринимаются. В частности, это касается урегулирования задолженности. В 2001 -2002 годах был проведена реструктуризация задолженности предприятий перед федеральным бюджетом, социальными внебюджетными фондами и дорожными фондами (Постановления Правительства РФ от 03.09.1999 г. № 1002, от 23.05.2001 г. № 410, от 01.10.2001 г. № 699).